A molekuláris biológián belül a sokrétű fehérjetudományra, annak elméleti és módszertani bemutatására, valamint a géntechnológiai módszertani arzenál gyakorlati megismertetésére kerül a hangsúly. A specializáció keretében oktatott immunológiai tárgyak széles skálája a molekuláris mechanizmusok, a szervezetünk fertőzésekkel szemben mutatott reakcióinak, illetve a kóros védekező mechanizmusainak a bemutatásáig terjed. A mikrobiológiai tárgyak a tudományterület módszertani sokszínűségét és a főbb kutatási területeket mutatják be (mikrobiális ökológia, alkalmazott mikrobiológia, alapvető klinikai mikrobiológiai ismeretek, taxonómia). A specializációban oktatott kiemelt kurzusok:

Fehérjetudomány: A tárgy tartalmazza mindazokat az információkat, ami alapján a fehérjék szerkezete és működése, valamint kölcsönhatásaik közötti összefüggéseket meg lehet érteni, beleértve a fehérjék széleskörű vizsgálati módszereit és a fehérjéket, mint gyógyszercélpontokat is.

Géntechnológia gyakorlat: A gyakorlaton a hallgatók végighaladnak a molekuláris klónozás in vitro (hasítás, izolálás, ligálás) és in vivo lépésein (kompetens sejt készítése, transzfektálás, szelektálás és klónazonosítás). DNS szekvenciákat amplifikálnak polimeráz- láncreakcióval, és végül rekombináns fluoreszcens fehérjéket állítanak elő bakteriális expressziós rendszerben.

Immunpatológia: A kurzus során ismertetésre kerülnek a kóros immunfolyamatok kialakulásának kritikus pontjai, az öröklött és szerzett immunhiányos állapotok jellemzői, az immunszuppresszió és túlérzékenységi reakciók különböző típusai, az autoimmun folyamatok kialakulása és ezek szisztémás és szervspecifikus megjelenési formái, valamint a tumorok ellen kialakuló immunválasz, a különböző immun-terápiás lehetőségek és transzplantációs beavatkozások.

Haladó immunológiai gyakorlatok: A gyakorlat célja néhány olyan, immunológiai reakciókon alapuló módszer megismertetése, amelyeket a hallgatók később hasznosítani tudnak szakirányú és más tanulmányaik, munkájuk során, illetve amiket számos más tudomány- terület is használ diagnosztikai, kutatási, sőt terápiás célból. Hangsúlyosan szerepelnek az antigén és ellenanyag kapcsolódásának kimutatásán alapuló reakciók, valamint a sejtpopulációk elkülönítése vérből és jellemzésük áramlási citofluoriméterrel.

Fejezetek a klasszikus és molekuláris bakteriológiából: A tárgy áttekintést ad a mikrobiológiában használt főbb módszerekről és a mikrobiológia fontosabb területeiről. A módszertan főbb témái a mintavételezés, a nukleinsav alapú, a tenyésztésen alapuló, a mikroszkópos, és a mikrobiális aktivitást mérő módszerek. A kurzus kiemelt része, hogy segítsen a hallgatóknak a megfelelő tudományos kérdéshez a megfelelő módszer kiválasztásában. Ezután a tárgy áttekintést ad a mikrobiális kapcsolatokról, a vizes élőhelyek és a talaj mikrobiológiájáról, a humán mikrobiológiáról, antibiotikumokról és járványtanról, illetve alkalmazott mikrobiológiai témákról, többek között a bioremediációról.

Klasszikus és molekuláris mikrobiológiai módszerek gyakorlat: A hallgatók a gyakorlatban is elsajátíthatják a mikrobiológiában használt főbb módszereket. Többek között nukleinsav alapú, mikroszkópos módszerek, kémiai mérések (pl. gázkromatográfia), algológia, illetve bioinformatikai adatfeldolgozás (amplikonszekvenálás adatai). Mindezen módszerek alkalmazására egy-egy konkrét környezeti mintán a Környezeti mikrobiológia gyakorlaton kerül sor.

A három tanszék kutatócsoportjai a Biológus MSc képzés egy rendkívül változatos témakínálatát adják.

A Biokémiai Tanszék kutatói a motorfehérjék (miozinok, helikázok), az amiloid fehérjeaggregátumok, a komplementrendszer proteázainak, a fehérje-fehérje kölcsönhatások szerkezet-funkcióit, valamint a rendezetlen fehérjékben található, ún. lineáris motívumok bioinformatikai vizsgálatát helyezik előtérbe. Az alapkutatáson túl számos alkalmazott kutatás indult gyógyszerfejlesztési céllal.

Az Immunológiai Tanszék kutatói a veleszületett immunrendszerhez tartozó sejtes elemeket és a komplementrendszert vizsgálják, illetve ez utóbbit szabályozó molekulákat, valamint a humorális immunválasz kialakulását, szabályozását és sokféleségét egészséges és autoimmun betegségek (pl. sokízületi gyulladás) esetén. Kutatásaikban a bioinformatikai kiértékelésen túl a legmodernebb immun-biotechnológiai eljárásokat használják, mint pl. az áramlási citofluoriméter, a konfokális mikroszkóp, a felületi plazmon rezonancia és az új generációs szekvenálás. Sokrétű kapcsolatuk a gyógyszeriparral betekintést enged a legújabb immunbiotechnológiai fejlesztésekbe is.

A Mikrobiológiai Tanszék kutatóinak érdeklődési területe a legtágabban értelmezett környezeti mikrobiológia. Mikrobiális ökológiai kérdések (milyen mikrobafajok találhatóak egy adott környezetben, azok milyen aktivitást fejtenek ki és hogyan szerveződnek közösséggé) megválaszolására a mikrobiológia hagyományos (tenyésztésen alapuló) és legújabb molekuláris módszertanát is segítségül hívják. A minket körülvevő világ teljesebb megismerésére irányuló ökológiai kérdéseket kiegészítik a lehetséges alkalmazásra, hasznosításra vonatkozó vizsgálatokkal, új fajok leírásával.

Biokémiai Tanszék

Dosztányi Zsuzsanna rendezetlen fehérjékkel, fehérjerégiókkal, kiemelten az ún. lineáris motívumokon keresztüli fehérje-fehérje kölcsönhatásokkal foglalkozik elsősorban bioinformatikai módszerekkel.

Erdős Gábor a rövid lineáris motívumok (Short Linear Motifs, SLIMs) által közvetített fehérje-fehérje kölcsönhatások viselkedésének bioinformatikai vizsgálatával foglalkozik.

Kardos József kutatási területe amiloid fehérje aggregátumok szerkezeti, valamint az idegrendszeri komplementrendszer proteomikai vizsgálata.

Kovács Mihály motorfehérjék, miozinok és DNS-helikázok szerkezet-funkció vizsgálatával, a DNS rekombináció molekuláris mechanizmusaival, miozin-alapú gyógyszerfejlesztéssel foglalkozik.

Málnási Csizmadia András motorfehérjék, miozinok szerkezet-funkció kutatásával, „molekuláris tetoválás” mikroszkópos sejtbiológiai módszer fejlesztésével és miozin-alapú gyógyszerfejlesztéssel foglalkozik.

Micsonai András kutatási területe a fehérjék, illetve funkcionális nukleinsav motívumok szerkezetvizsgálata biofizikai és bioinformatikai módszerekkel.

Molnár Tamás kutatási területe a fehérjék stabilitásának, kóros aggregációs folyamatainak és az ezekhez köthető betegségeknek a vizsgálata biofizikai és szerkezeti biológiai módszerekkel.

Nyitray László elsősorban szignalizációkban résztvevő fehérje-fehérje kölcsönhatásokat vizsgál biokémiai, biofizikai, sejtbiológiai és szerkezeti biológiai módszerekkel.

Pál Gábor a komplementrendszer proteázait és ezek gátlását tanulmányozza biokémiai, enzimológiai és irányított evolúciós módszerekkel, valamint proteáz-alapú gyógyszerfejlesztést célzó kutatásokat végez.

Immunológiai Tanszék

Józsi Mihály Krisztián érdeklődési területe a veleszületett immunrendszer egyik legfontosabb humorális rendszere, a komplementrendszer fiziológiás működése és egyes betegségekben betöltött szerepének vizsgálata. A kutatások középpontjában az alternatív komplementaktivációs út szabályozásának, a komplementszabályozó H-faktor molekula és vele rokon fehérjék szerkezetének és funkciójának tanulmányozása áll.

Kacskovics Imre a humorális immunválasz kialakulásának és sokféleségének elemzését végzi egészségesekben és autoimmun betegekben, valamint antitest alapú gyógyszerfejlesztést végez. Munkájához a legkorszerűbb molekuláris- és sejtbiológiai módszereket használja, legújabban az új generációs szekvenálást, amelyet bioinformatikai módszerekkel értékel.

Kövesdi Dorottya a B sejtek érésével, jelátvitelével foglalkozik, különösképpen fókuszálva a marginális zóna B sejtek differenciálódására és a rheumatoid arthritis pathomechanizmusában betöltött szerepükre.   

Uzonyi Barbara a komplementrendszer vizsgálatával, komplement fehérjékre specifikus autoantitestek kutatásával és a H-faktorral rokon fehérjék funkcionális jellemzésével foglalkozik.

Mikrobiológiai Tanszék

Felföldi Tamás fő kutatási területe a vizes élőhelyek mikrobiális ökológiája: extremofil mikrobaközösségek, kommunális és ipari szennyvizek kezelésének mikrobiológiai vonatkozásai. Emellett a tudomány számára új baktérium- és algafajok fajleírásait készíti el, illetve televényférgek molekuláris taxonómiai jellemzésével foglalkozik.

Tóth Erika fő kutatási területei: a vizes élőhelyek mikrobiális ökológiája (természetes és mesterséges vizek, ivó- és szennyvíz), nanoanyagok, gyógyszerek és gyógyszermaradványok hatása a környezetben, növényi növekedést serkentő mikroorganizmusok alkalmazása, új baktériumtaxonok leírása.

Vajna-Ferenczy Balázs fő kutatási területei: gombatermesztés mikrobiológiai háttere, gomba-baktérium kapcsolatrendszerek vizsgálata, gombák szerepe a bioremediációban, mikrobiológiai adatsorok többváltozós és statisztikai értékelése.

A végzett diákjaink doktori iskolákban folytathatják a kutatóképzést a fehérjetudomány, az immunológia és a környezeti mikrobiológia területén. Alkalmazott kutatási területeken is számos lehetőség van az elhelyezkedésre. Ide sorolhatók a gyógyszergyárkutatással (kiemelten a biológiai alapú gyógyszerek), biotechnológiai kutatás-fejlesztéssel (a biotechnológia szinte teljes területén), valamint diagnosztikával foglalkozó cégek, de ezek mellett állami intézményeknél is találhatnak elhelyezkedési lehetőséget.